یکی از ویژگی‌های بارز حوزه، سنت‌هایی است که بر مبنای اندیشه و فرهنگ اصیل اسلامی بنا شده و نقش مهمی در حفظ تراث آن داشته است؛سنت‌های پژوهشی نظیر تقریرنویسی، تعلیقه و حاشیه نویسی، شرح نویسی، تصحیح متون، مراسلات، مکاتبات و مناظرات، ردیه نویسی، معجم نگاری و… تأثیر عمیقی در  انتقال علم و گسترش مرزهای دانش داشته‌اند؛ اجازه روایت و اجازه اجتهاد نیز در کنار سایر سنن بر اعتبار پدیدآورندگان این سنن صحه می‌گذاشته است. تغییرات و تحولات علمی در سده‌های اخیر، توجّه به برخی از این سنت‌ها را با آسیب‌های جدی مواجه کرده و پاره‌ای از آنها را به بوته فراموشی سپرده است و مواردی نیز به طور ناقص و یا سلیقه‌ای انجام می‌شود. شناسایی و بازنگری سنت‌های حوزوی ضرورتی است که روش پژوهش در حوزه‌های علمیه بر منطق و سیره سلف صالح را مستحکم‌تر خواهد کرد…