ن کتاب در چهار بخش با ساختار زیر تدوین شده است:
بخش نخست که شامل سه فصل است. به بیان کلیات، تحلیل مفاهیم تحقیق و واژه‌های همسو می‌پردازد. جایگاه نفس در فلسفه، تصور نفس در نحله‌های گوناگون فلسفی و مسئله چگونگی حدوث و پیدایش آن در این بخش بررسی شده است.
در بخش دوم، نظریه صدرالمتألهین درباره حدوث جسمانی نفس، اصول و مبانی نظریه و سازگاری یا عدم سازگاری نظریه وی با نصوص دینی در دو فصل بررسی شده است.
بخش سوم کتاب به معرفی منتقدان نظریه ملاصدرا اختصاص دارد. در این بخش منتقدان نظریه حدوث جسمانی نفس معرفی و نظرهای انان ارزیابی و نقد شده است. در این بخش که شامل دو فصل است، منتقدان معاصر صدرالمتألهین و منتقدان پس از وی بحث و بررسی شده است.
بخش چهارم کتاب به بیان نتیجه‌ها و ثمرهای نظریه حدوث جسمانی نفس اختصاص دارد. در این بخش امتیاز و ثمرهای نظریه ملاصدرا تبیین شده و آثار و نتیجه‌های آن در مسائلی همچون رابطه نفس و بدن، معاد جسمانی، تناسخ و… بررسی شده است؛ همچنین سعی بر این است تأثیر نظریه حدوث جسمانی نفس در حوزه‌ای مختلف علوم و از جمله تأثیر آن در طراحی نظام‌های اخلاقی و تربیتی و… نشان داده شود.