«منظومه فکری حضرت آیت‎الله العظمی خامنه‌ای»، در چهار بخش نظام‌های بینشی، نظام‌های منشی و رفتاری، نظام‌های اجتماعی اسلام و اهداف اجتماعی اسلام تدوین شده است. نظام بینشی شامل منطق فهم اسلام، خداشناسی توحیدی، ولایت‌شناسی، اسلام شناسی، جهان‌شناسی اسلامی و انسان‌شناسی اسلامی است. نظام های منشی و رفتاری شامل نظام معنویت اسلامی، اخلاق اسلامی، نظام تربیتی اسلام و نظام عبادی اسلام است. نظام‌های اجتماعی اسلام شامل نظام فرهنگ اسلامی، نظام علمی‌ اسلام، نظام مدیریت اسلامی، نظام سیاست اسلامی، نظام اقتصاد اسلامی، نظام حقوق اسلامی، نظام امنیتی ـ دفاعی اسلام است و اهداف اجتماعی اسلام شامل استقلال اسلامی، عدالت اسلامی  و پیشرفت اسلامی است.
این اثر نشان می‌دهد که فرمایشات معظم له از نظام هماهنگی برخوردار است به گونه‌ای که اجزائش یک کل نظام‌مند را تشکیل می‌دهد که ادامه‌دهنده گفتمان فکری علمای گذشته و استمراربخش گفتمان امام خمینی (ره) است و با رویکرد اجتهادی به مسایل معاصر می‌پردازد.
تمدن اسلامی، مبتنی بر منظومه فکری مقام معظم رهبری، توحیدمحور است؛ توحیدی که نه تنها در عقیده و قلب آدمیان حضور دارد؛ بلکه همانند روحی، همه ساحت‌های فردی و اجتماعی، مُلکی و ملکوتی انسان را احاطه کرده است. آزادی و استقلال و دانش و قدرت  و سیاست و قضاوت و امنیت و دفاع و‌…، جملگی توحیدی هستند.