کتاب شذرات المعارف حاوی مهم ترین مبانی فکری مرحوم شاه آبادی در حوزه عرفان، فقه، فلسفه وکلام است که به زبان فارسی تحریر یافته است. به طوری که می توان با قاطعیت آن را نماینده شایسته ای برای تبیین جوانب سیستم فکری و معرفتی استاد دانست. سیستم معرفتی استاد شاه آبادی به طور کلی مبتنی بر نظام «فطرت» است. به طوری که با تحلیل مفهوم فطرت و سوابق و لواحق آن سیستم یا نظام تمام عیاری را ترسیم و تنظم می کند که حاوی مطالب مهمی نظیر خدا، انسان، طبیعت، علم، عقل، عشق، آزادی، جبر و اختیار، تکلیف، حسن و قبح، خیر و شر، سیاست، اجتماع، عدالت، اخلاق و … است و به عبارت واضح تر، دربردارنده، مبنایی ترین اصول مرتبط با دین و دنیا و آغاز و انجام حیات بشر است. از این رو می توان استاد مرحوم شاه آبادی را بنیان گذار مکتب «فطرت محوری» یا دست کم یکی از چهره های شاخص و بلامنازع این رویکرد قلمداد کرد که با حکمت هندسی و نظام بندی ریاضی خاص همه الگوهای مربوط به آفاق و انفس را بر اساس فطرت شرح و بیان کرده است.