روانشناسی اسلامی در چند سال اخیر موضوع بحث‌های گوناگون در مجامع علمی بوده است و برخی به موافقت یا مخالفت با آن برخاسته‌اند. کسانی که موافق روان‌شناسی اسلامی هستند، بر این باورند که روان شناسی علمی محصول روش‌های پوزیتویستی غرب است و حاوی ارزش‌های آن می‌باشد و این عملاً در تقابل با ارزش‌های دینی اسلام هم به لحاظ موضوع، روش و هدف قرار خواهد گرفت. در طرف مقابل کسانی قرار دارند که معتقدند روش روان‌شناسی روشی علمی تجربی است و علم نمی‌تواند حاوی ارزش باشد؛ بنابراین نمی‌توان از روان‌شناسی اسلامی، روان‌شناسی مسیحی، یا هر نوع روان‌شناسی آمیخته با ارزش‌های دینی یا غیر دینی سخن گفت. موافقان مدعی وجود چنین حوزه مطالعاتی در مقابل روان‌شناسی تجربی هستند. در مقابل مخالفان آن، طرح چنین اصطلاحی را نادرست می‌دانند و معتقدند روان‌شناسی در قالب یک علم نمی‌تواند پسوند مسیحی، اسلامی و… را پذیرا باشد.

دکتر مسعود آذربايجانی:                                          
در مکتب فرويد که به عنوان يک مکتب رئاليسم در عرض مکاتب معاصر خودش، بروز کرد، با ارائه مفاهيم جديدی مثل عقده اديپ، عقده الکترا، تداعی آزاد، ايگو، سوپر ايگو و… از بسياری از مکاتب ديگری روان‌شناختی متمايز شد و توانست در عرض آن‌ها به عنوان يک مکتب مستقل بروز کند.

دکتر علیرضا پيروزمند:
کم‌توجهی به نيازمندی اسلامی‌سازی علوم به روش تحقيق ويژه، همان نقطه­‌ای‌است که علوم انسانی اسلامی را دچار آسيب نموده، به عبارت ديگر ما در جهت‌داری علم يا علوم انسانی، به جهت‌داری روش نرسيده و روش را جهت‌­دار نديديم…

 دکتر حمید رضا حسن آبادی:
براساس نگاه روش­‌شناسی کمی، روان­‌شناس با دو مشکل مهم مواجه می­‌شود؛ مشکل اول مربوط به اندازه‌­گيری و مشکل دوم در ارتباط با تبيین روابط بين متغيرهاست؛